آزمایشگاه زیست شناسی محاسباتی - دانشکده علوم و فناوری زیستی

معرفی آزمایشگاه:

آزمایشگاه زیست شناسی محاسباتی دانشکده علوم و فناوری زیستی با هدف توسعه روش‌های محاسباتی در علوم زیستی مولکولی فعالیت می‌کند و تمرکز اصلی آن بر مدل‌سازی ساختاری، شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی و طراحی دارو است. پژوهش‌های ما به بررسی شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی برای مطالعه برهم‌کنش‌های پروتئین-لیگاند اختصاص دارد. علاوه بر این، در زمینه غربالگری مجازی، اصلاح پپتید، و طراحی دارو با در نظر گرفتن تغییرات پساترجمه‌ای، به‌ویژه گلیکوزیلاسیون، فعالیت داریم. همچنین، تحقیقات ما شامل مطالعات داكینگ مولكولی و محاسبات انرژی آزاد اتصال در کمپلکس‌های پروتئین-لیگاند می‌شود.

همکاری علمی، رکن اساسی رویکرد پژوهشی ماست. با تعامل نزدیک با متخصصان شیمی و زیست‌شناسی، در تلاشیم تا فرضیات قابل آزمون را پیشنهاد داده و اعتبارسنجی کنیم که به پیشرفت حوزه کشف دارو کمک کند. آزمایشگاه ما محیط پژوهشی پویایی را فراهم می‌کند که در آن روش‌های نظری و کاربردی بیوانفورماتیک برای پاسخ به پرسش‌های اساسی زیست‌شناسی مولکولی و علوم دارویی به کار گرفته می‌شوند.

در حال حاضر، این آزمایشگاه متشکل از ۱۰ پژوهشگر شامل دانشجویان دکتری، کارشناسی ارشد و کارشناسی است که در طیف وسیعی از مطالعات محاسباتی مشارکت دارند. با بهره‌گیری از همکاری‌های میان‌رشته‌ای و ابزارهای محاسباتی پیشرفته، هدف ما ارائه دستاوردهای علمی ارزشمند در حوزه بیوانفورماتیک ساختاری، شبیه‌سازی‌های مولکولی و مدل‌سازی ساختاری زیست‌مولکول‌ها است.
 

تجهیزات ثبت شده‌ی آزمایشگاه در شبکه آزمایشگاهی فناوری‌های راهبردی:

ID آزمایشگاه نام آزمایشگاه ID ID نوع دستگاه نوع دستگاه ID مدل دستگاه مدل دستگاه آخرین وضعیت
2517 آزمایشگاه زیست شناسی محاسباتی - دانشگاه شهید بهشتی دانشکده علوم و فناوری زیستی 43740 4613 نرم افزار تجسم ساختار مولکولی کایمرا - Chimera  Molecular Structure Visualization Software 26721 chimera-1.18 - UCSF RBVI - ایالات متحده آمریکا آماده سرويس دهی
2517 آزمایشگاه زیست شناسی محاسباتی - دانشگاه شهید بهشتی دانشکده علوم و فناوری زیستی 43739 4612 نرم افزار تجسم ساختار مولکولی بایوویا - BIOVIA Discovery Studio Molecular Structure Visualization Software 26720 Discovery Studio 2024 Client - Dassault Systèmes - فرانسه آماده سرويس دهی
2517
آزمایشگاه زیست شناسی محاسباتی - دانشگاه شهید بهشتی دانشکده علوم و فناوری زیستی
43738 4611 نرم افزار تجسم مولکولی پایمول - PyMOL Molecular Visualization Software 26719 PyMOL 3.0 - Schrödinger - ایالات متحده آمریکا آماده سرويس دهی
2517 آزمایشگاه زیست شناسی محاسباتی - دانشگاه شهید بهشتی دانشکده علوم و فناوری زیستی 43737 4610 نرم افزار شبیه سازی مولکولی اوتوداک - Molecular Modeling Simulation Software 26718 Autodock 4 - AutoDock - ایالات متحده آمریکا آماده سرويس دهی
2517 آزمایشگاه زیست شناسی محاسباتی - دانشگاه شهید بهشتی دانشکده علوم و فناوری زیستی 43736 4609 نرم افزار شبیه سازی دینامیک مولکولی امبر - Amber Molecular Dynamics 26717 AmberTools24 - Amber Molecular Dynamics - ایالات متحده آمریکا آماده سرويس دهی
2517 آزمایشگاه زیست شناسی محاسباتی - دانشگاه شهید بهشتی دانشکده علوم و فناوری زیستی 43735 4608 نرم افزار شبیه سازی دینامیک مولکولی گرومکس - Gromacs Molecular Dynamics 26716 GROMACS 2024.3 - MD Tutorials - هلند آماده سرويس دهی
2517
آزمایشگاه زیست شناسی محاسباتی - دانشگاه شهید بهشتی دانشکده علوم و فناوری زیستی
43734 4607 نرم افزار شبیه سازی دینامیک مولکولی وی ام دی - Visual Molecular Dynamics Software 26715 VMD 1.9.3 - Theoretical and Computational Biophysics Group - ایالات متحده آمریکا آماده سرويس دهی