کتابهای تألیفی و تصنیفی

1. "اصول مهندسی ژنتیک پیشرفته"
   مسعود توحیدفر، عباس سعیدی، عباس کریمی فرد
   دانشگاه شهیدبهشتی - تهران، ایران، 1402، شابک: 5678989
2. "مبانی زیست فناوری گیاهی نوین و ایمنی زیستی"
   مسعود توحیدفر، مهسا کریمی ، مائده فیض بخش
   دانشگاه شهیدبهشتی - تهران، ایران، 1401، شابک: 9789644575501
3. ""
   amir mosavi, mehdi mostavafi, fahimdokh mohktari, Masoud Tohidfar, mothhereh mohsenpour
   , Iran, 2021, ISBN: 3423-45
4. "اصول و کاربردهای کشت بافت گیاهی"
   مسعود توحیدفر، رض.ان اسادات کازرونیان ، نغمه خلیلی
   دانشگاه شهیدبهشتی - تهران، ایران، 1398، شابک: 245654
5. "مهندسی ژنتیک و رو ش ها (تجدید نظر کتاب اصول و مبانی مهندسی ژنتیک)"
   محمد علی ابراهیمی، مسعود توحیدفر
   دانشگاه پیام نور تهران، ایران، 1397، شابک: 978-964-14-0476-7
6. "مبانی بیوتکنولوژی"
   محمد علی ابراهیمی، مسعود توحیدفر
   دانشگاه پیام نور تهران، ایران، 1394، شابک: 978-964-14-0201
7. "تولید پروتئین های نوترکیب در گیاهان"
   مسعود توحیدفر، مطهره محسن پور ، سولماز خسروی
   حق شناس، ایران، 1393، شابک: 978-600-7304-01-3
8. "اصول و مبانی مهندسی ژنتیک"
   محمد علی ابراهیمی، مسعود توحیدفر، ائلیاز احمدی نیک
   دانشگاه پیام نور تهران، ایران، 1393، شابک: 978-964-14-0109-4

کتابهای ترجمه ای

1. "بیوانفورماتیک کاربردی"
   معصومه نعمانی ، مسعود توحیدفر
   دانشگاه شهیدبهشتی - تهران، ایران، 1400، شابک: 978-622-7571-12-7
2. "شبکه های زیستی"
   معصومه نعمانی، مسعود توحیدفر
   آتی نگر، ایران، 1397، شابک: 978-622-6102-29-2