مقالات علمی چاپ شده در مجلات

1. "AI-driven covalent drug design strategies targeting main protease (m ^pro ) against SARS-CoV-2: structural insights and molecular mechanisms"
   Mohammad Hossein Haghir Ebrahimabadi, Abdurahman Ghasemlo, Fatemeh Bayani, Yahya Sefidbakht, Massoud Vosough, Sina Mozaffari-Jovin, Vladimir N. Uversky
   JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE and DYNAMICS, Vol. _, pp.1-29, 2024
2. "Characterization of stability, safety and immunogenicity of the mRNA lipid nanoparticle vaccine Iribovax® against COVID-19 in nonhuman primates"
   Parvin Zamani, Mohammad Mashreghi, Mahere Rezazade Bazaz, Selma Zargari, Farzaneh Alizadeh, Mahyar Dorrigiv, Asghar Abdoli, Hossein Aminianfar, Mahdi Hatamipour, Javad Zarqi, Saeed Behboodifar, Yalda Samsami, Saeideh Khorshid Sokhangouy, Yahya Sefidbakht, Vuk Uskokovic, Seyed Mahdi Rezayat, Mahmoud Reza Jaafari, Sina Mozaffari-Jovin
   JOURNAL OF CONTROLLED RELEASE, Vol. 360, pp.316-334, 2023
3. "An overview of the vaccine platforms to combat COVID-19 with a focus on the subunit vaccines"
   Fatemeh Bayani, Negin Safaei Hashkavaei, Sareh Arjmand, SHOKOUH REZAEI, Vuk Uskokovic, Mahdi Alijanianzadeh, Vladimir N. Uversky, Seyyed Omid Ranaee Siadat, Sina Mozaffari-Jovin, Yahya Sefidbakht
   PROGRESS IN BIOPHYSICS and MOLECULAR BIOLOGY, Vol. 178, pp.32-49, 2023
4. "In silico design of a multi-epitope vaccine against the spike and the nucleocapsid proteins of the Omicron variant of SARS-CoV-2"
   Fatemeh Bayani, Negin Safaei Hashkavaei, Mohammad Reza Karamian, Vuk Uskokovich, Yahya Sefidbakht
   JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE and DYNAMICS, Vol. 41, pp.1-15, 2023
5. "Exploration of potential inhibitors for SARS?CoV?2 Mpro considering its mutants via structure?based drug design, molecular docking, MD simulations, MM/PBSA, and DFT calculations"
   Abdurahman Ghasemlo, Vuk Uskokovi?, Yahya Sefidbakht
   BIOTECHNOLOGY AND APPLIED BIOCHEMISTRY, Vol. 69, pp.1-19, 2022
6. "Insights into the structural peculiarities of the N-terminal and receptor binding domains of the spike protein from the SARS-CoV-2 Omicron variant"
   Fatemeh Bayani, Negin Safaei Hashkavaei, Vladimir N. Uversky, Sina Mozaffari-Jovin, Yahya Sefidbakht
   COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE, Vol. 147, 2022
7. "Doxorubicin-loaded, pH-sensitive Albumin Nanoparticles for Lung Cancer Cell Targeting"
   Ahmedazeezahmed Alakdha, Yahya Sefidbakht, SHOKOUH REZAEI, Hasan Kouchakzadeh, Vuk Uskokovi?
   JOURNAL OF PHARMACEUTICAL SCIENCES, Vol. ., pp.1-11, 2021
8. "Tracking the pipeline: immunoinformatics and the COVID-19 vaccine design"
   SHOKOUH REZAEI, Yahya Sefidbakht, Vuk Uskokovi?
   BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, Vol. 22, pp.1-20, 2021
9. "Radioprotective Role of Vitamins C and E against the Gamma Ray-Induced Damage to the Chemical Structure of Bovine Serum Albumin"
   Hajar Zarei, Mostean Bahreinipour, Yahya Sefidbakht, SHOKOUH REZAEI, Rouhollah Gheisari, Susan Kabudanian Ardestani, Vuk Uskokovi, Hiroshi Watabe
   Antioxidants, Vol. 10, 2021
10. "Development and characterization of a thermostable GH11/GH10 xylan degrading chimeric enzyme"
    , Fataneh Fatemi, Yahya Sefidbakht, Seyed Ehsan Ranaei Siadat
    ENZYME AND MICROBIAL TECHNOLOGY, Vol. 149, 2021
11. "Hydroxyapatite as a biomaterial - a gift that keeps on giving"
    Behrad Ghiasi, Yahya Sefidbakht, Sina Mozaffari-Jovin, Behnaz Gharehcheloo, Mehrnoush Mehrarya, Arash Khodadadi, Maryam Rezaei, Seyyed Omid Ranaee Siadat, Vuk Uskokovi?
    DRUG DEVELOPMENT AND INDUSTRIAL PHARMACY, Vol. 46, pp.1035-1062, 2020
12. "Enantioseparation of mandelic acid on vancomycincolumn: Experimental and docking study"
    Mostafa Shahnani, Yahya Sefidbakht, Shokoofe Maghari, Ahmad Mehdi, Hassan Rezadoost Chahardeh, Alireza Ghassempour
    CHIRALITY, Vol. 32, pp.1289-1298, 2020
13. "Comparative molecular dynamics study of the receptor-binding domains in SARS-CoV-2 and SARS-CoV and the effects of mutations on the binding affinity"
    SHOKOUH REZAEI, Yahya Sefidbakht, Vuk Uskokovic
    JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE and DYNAMICS, Vol. 38, pp.1-20, 2020
14. "Graphite/gold nanoparticles electrode for direct protein attachment: characterization and gas sensing application"
    Javad Shabani Shayeh, Yahya Sefidbakht, Meisam Omidi, Fatemeh Yazdian, Lobat Tayebi
    ENVIRONMENTAL SCIENCE AND POLLUTION RESEARCH, Vol. 27, pp.1-10, 2020
15. "Colloidal graphene oxide enhances the activity of a lipase and protects it from oxidative damage: Insights from physicochemical and molecular dynamics investigations"
    Omid Kalji Karaci, Yahya Sefidbakht, Alexey M. Nesterenko, Vuk Uskokovi, Seyyed Omid Ranaee Siadat
    JOURNAL OF COLLOID AND INTERFACE SCIENCE, Vol. 567, pp.285-299, 2020
16. "How is the Effect of Silver Nanoparticles and Lipase/Cellulase Enzymes on Each Other?"
    Behnam Eysazadehjandar, Fateme Mirzajani, Yahya Sefidbakht
    Iranian Journal of Science and Technology Transaction A-Science, Vol. 44, pp.27-35, 2020
17. "Theranostic applications of stimulus-responsivesystems based on carbon dots"
    Behrad Ghiasi, Golnaz Mehdipour, Nooshin Safari, Hamidreza Behboodi, Mohadeseh Hashemi, Meisam Omidi, Yahya Sefidbakht, Amir Yadegari, Michael R. Hamblin
    INTERNATIONAL JOURNAL OF POLYMERIC MATERIALS, Vol. 70, pp.117-130, 2019
18. "An isolate of Potato Virus X capsid protein from N. benthamiana Insights from homology modeling and molecular dynamics simulation"
    Neda Esfandiari, Yahya Sefidbakht
    INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES, Vol. 116, pp.939-946, 2018
19. "The effect of non-thermal atmospheric plasma on the production and activity of recombinant phytase enzyme"
    Mahsa Farasat, Sareh Arjmand, Seyyed Omid Ranaee Siadat, Yahya Sefidbakht, Hamidreza Ghomi marzdashti
    Scientific Reports, Vol. 8, pp.1-12, 2018
20. "Effect of size and chemical composition of graphene oxide nanoparticles on optical absorption cross-section"
    Mohadeseh Hashemi, Bharadwaj Muralidharan, Meisam Omidi, Javad Mohammadi, Yahya Sefidbakht, Eun Song Kima, Hugh D.C. Smyth, Mohammad Shalbaf, Thomas E. Milner
    JOURNAL OF BIOMEDICAL OPTICS, Vol. 23, 2018
21. "Continuous fast Fourier transforms cyclic Voltammetry as a new approach for investigation of skim milk k-casein proteolysis a comparative study"
    Javad Shabani Shayeh, Yahya Sefidbakht, Seyyed Omid Ranaee Siadat, kaveh niknam
    INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES, Vol. 103, pp.972-977, 2017
22. "Recombinant Acetylcholinesterase purification and its interaction with silver nanoparticle"
    Fateme Mirzajani, Seyed Mohammad Motavalli, Shaghayegh Jabbari, Seyyed Omid Ranaee Siadat, Yahya Sefidbakht
    PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION, Vol. 136, pp.58-65, 2017
23. "Homology Modeling and Molecular Dynamics Study on Schwanniomyces Occidentalis Alpha Amylase"
    Yahya Sefidbakht, Seyyed Omid Ranaee Siadat,
    JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE and DYNAMICS, Vol. 35, pp.1-11, 2016
24. "Caseoperoxidase mixed -casein SDS hemin imidazole complex a nano artificial enzyme"
    Zainab Moosavi-Movahedi, Hussein Gharibi, Hamid Hadi-Alijanvand, Mohammad Akbarzadeh, Mansoore Esmaili, Maliheh S. Atri, Yahya Sefidbakht, Mousa Bohlooli, Khodadad Nazari, Sohaeila javadian, Jun Hong, Ali A. Saboury, Nader Sheibani, Ali A. Moosavi-Movahedi
    JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE and DYNAMICS, Vol. 33, pp.1-46, 2015
25. "Antibacterial and molecular dynamics study of the Dolabellanin B2 isolated from sea slug Peronia peronii"
    , Seyyed Omid Ranaee Siadat, Jamileh Pazooki, Yahya Sefidbakht
    BIOSCIENCES BIOTECHNOLOGY RESEARCH ASIA, Vol. 12, pp.2023-2035, 2015
26. "Chemical recycling of PET wastes with different Catalysts"
    , , Yahya Sefidbakht, خديجه شكوهي,
    International Journal of Polymer Science, Vol. 2015, pp.1-11, 2015
27. "افزایش پایداری حرارتی پروتئین نوترکیب اینورتاز ساکارومایسیس سرویزه با ایجاد جهش ها ی هدفنمد"
    ساره ارجمند، یحیی سفیدبخت، سیدامید رعنائی سیادت
    زیست فناوری،
28. "افزایش پایداری حرارتی پروتئین نوترکیب اینورتاز ساکارومایسس سرویزیه با ایجاد جهش های هدفمند"
    ساره ارجمند، لیلا قبادی، سیدامید رعنائی سیادت، یحیی سفیدبخت، فاطمه فرزانه
    زیست فناوری دانشگاه تربیت مدرس،
29. "تاریخچه جایزه نوبل پزشکی سال2023 و پیشرفت های تغییرات پایه نوکلئوتیدی و توسعه واکسن های mRNA"
    یحیی سفیدبخت، شیدا ضرغامی، سینا مظفری جوین
    نشاء علم، نسخه 13، صفحات:124-133، 1402
30. "تاریخچه کشف انسولین و استفاده از آن در کنترل دیابت"
    نگین صفائی حشکوائی، فاطمه بیانی، نرگس پرنیائی، ساره ارجمند، یحیی سفیدبخت
    نشاء علم، نسخه 13، صفحات:60-69، 1401
31. "بررسی گونه های ویروس کرونا جدید 2019 و واکسن ها"
    سمیرا عبدی خانی، شکوه رضائی، یحیی سفیدبخت، ساره ارجمند
    نشاء علم، نسخه 11، صفحات:189-199، 1400
32. "ایمنی شناسی عصبی-روانی- غدد درون ریز، راهکاری جهت مقابله با بیماری همه گیر کووید-19"
    شکوه رضائی، یحیی سفیدبخت، مائده سلطانی، نرگس توانا
    نشاء علم، نسخه 11، صفحات:59-68، 1399
33. "ویروس کرونای جدید 2019 منشاء و مکانیسم بیماری زایی"
    شکوه رضائی، عبدالرحمن قاسملو، یحیی سفیدبخت
    نشاء علم، نسخه 10، صفحات:130-137، 1399
34. "رادیکال های آزاد ، استرس اکسایشی و نقش آنتیاکسیدان ها"
    فاطمه غفوری، نسیم کیان والا، ثمین حقیقی پوده، یحیی سفیدبخت
    نشاء علم، نسخه 10، صفحات:33-41، 1398
35. "آلودگی ناشی از آنتی بیوتیک ها بر محیط زیست"
    ثمین حقیقی پوده، یحیی سفیدبخت، حسن کوچک زاده
    نشاء علم، نسخه 9، صفحات:82-88، 1398
36. "آلاینده های زیست محیطی و مطالعات اپی ژنتیک"
    علی قربانی، آریان زمانی دهکردی، یحیی سفیدبخت
    نشاء علم، نسخه 8، صفحات:128-134، 1397
37. "روش های بازیافت ضایعاتی پلی اتیلن ترفتلات"
    یحیی سفیدبخت، امیرحسین حقیقی، مصطفی قربانی
    مهندسی شیمی ایران، نسخه 15، صفحات:35-47، 1395
38. "نیمه تاریک عطرها و رایحه های مصنوعی"
    یحیی سفیدبخت
    نشاء علم، نسخه 6، صفحات:81-86، 1394
39. "بررسی اثرات ناشی از تشعشعات تلفن همراه و ارائه راهکارهایی برای کاهش آن"
    یحیی سفیدبخت
    نشاء علم، نسخه 5، صفحات:71-76، 1394
40. "صنعت زیستی، مهندسی و اقتصاد سبز"
    یحیی سفیدبخت
    نشاء علم، نسخه 5، صفحات:49-55، 1393

مقالات علمی ارائه شده در همایش‌ها

1. "Integrating Experimental and Molecular Dynamics Approaches to Investigate Stem Cell Exosomes and Their Therapeutic Potential in drug delivery"
   Yahya Sefidbakht
   6th International Congress and 18th Iranian Genetics Congress, pp.1375-1376, 2024
2. "Identification of potential COVID-19 Mpro inhibitors through covalent drug docking, molecular dynamics simulation, and MMGBSA calculation"
   Mohammad Hossein Haghir Ebrahimabadi, Fatemeh Bayani, Yahya Sefidbakht
   Iran's 5th Conference on Protein and Peptide Science, 2024
3. "Nanobody interactions with SARS-CoV-2 variants: Insights from computational studies on spike protein receptor binding domain mutations"
   Yahya Sefidbakht, Fatemeh Bayani
   Iran's 5th Conference on Protein and Peptide Science, 2024
4. "Stem cell-derived exosomes in deliveringAnti-cancer drugs Doxorubicin and Cyclophosphamide,cell viability and membrane simulation studies"
   Yahya Sefidbakht, Vosugh Massoud, Farnaz Maghami
   The First International Congress of Cancer Genomics, 2023
5. "study of the receptor-binding domains in SARS-CoV-2 and SARS-CoV and the effects of mutations on the binding affinity , biophysical aspects"
   Yahya Sefidbakht
   International virtual conference on Biophysics of life on Earth and the Covid-19 pandemic (World Biophysics Week 2021), 2021
6. "lipase adsorption on graphene oxide insights from molecular dynamics investigations"
   Omid Kalji Karaci, Yahya Sefidbakht, alexey nesterenko
   the 3rd conference on protein and peptide sciences, 2018
7. "Experimental and theoretical investigation on mandelic acid (rs) enantioselective separation using vancomycin chiral column"
   Yahya Sefidbakht, Mostafa Shahnani, Hassan Rezadoost Chahardeh, Alireza Ghassempour
   the 1st International Congress on Biomedicine, 2017
8. "Lipase adsorbtion on the single layer geraphene oxide"
   Yahya Sefidbakht, Omid Kalji Karaci
   the 1st International Congress on Biomedicine, 2017
9. "The effect of cold argon plasma on lipase activity"
   Yahya Sefidbakht, Omid Kalji Karaci, Sareh Arjmand, Mahsa Farasat, Seyyed Omid Ranaee Siadat, Hamidreza Ghomi marzdashti
   the 1st International Congress on Biomedicine, 2017
10. "Graphene oxide reduce pathologies damages by Hydrogene peroxide"
    Omid Kalji Karaci, Yahya Sefidbakht
    Second Nanomedicine and Nanosafety Conference, 2017
11. "Physically adsorbed lipase on Graphene oxide as a reusable biocatalyst"
    Yahya Sefidbakht, Omid Kalji Karaci
    Second Nanomedicine and Nanosafety Conference, pp.332-332, 2017
12. ""
    Yahya Sefidbakht, Seyyed Omid Ranaee Siadat,
    , 2016
13. "Poly Ethylene Terephthalate (PET) Waste Management through chemical and biocatalysts"
    Yahya Sefidbakht, Amir Hossein Haghighi, Mohammad Khonkari, Javad Shabani Shayeh
    , 2016
14. ""
    Yahya Sefidbakht, Seyyed Omid Ranaee Siadat,
    , 2015
15. ""
    Seyyed Omid Ranaee Siadat, Yahya Sefidbakht
    , 2015
16. "molecular dynamics simulation of receptor-binding domain in wuhan and omicron(B.1.1529) varaiant of SARS-COV-2"
    نگین صفائی حشکوائی، فاطمه بیانی، یحیی سفیدبخت
    هفدهمین همایش ملی و دومین همایش بین المللی بیوشیمی فیزیک ایران، 1401
17. "computational investigation of the effect of omicron mutations in the N-terminal domain of spike protein on antibody evasion"
    فاطمه بیانی، نگین صفائی حشکوائی، یحیی سفیدبخت
    هفدهمین همایش ملی و دومین همایش بین المللی بیوشیمی فیزیک ایران، 1401
18. "investigatigating spike protein N-terminal domain mutations in antibody evasion by molecular dyanmics simulation and designing a multi-epitope-based peptide vaccine against omicron variant (BA.1) proteins"
    فاطمه بیانی، نگین صفائی حشکوائی، یحیی سفیدبخت
    هفدهمین کنگره ملی و هشتمین کنگره بین المللی بیوشیمی و بیولوژی مولکولی، 1401
19. "comparison of molecular dynamics study of receptor-binding domain in wild type and omicron (B1.1529) variants of SARS-COV-2"
    نگین صفائی حشکوائی، فاطمه بیانی، یحیی سفیدبخت
    دهمین همایش ملی و اولین همایش بین المللی بیوانفورماتیک ایران، 1400
20. "Molecular dynamics simulations show structural insights into the N-terminal domain mutations of the spike protein in"
    فاطمه بیانی، نگین صفائی حشکوائی، یحیی سفیدبخت
    دهمین همایش ملی و اولین همایش بین المللی بیوانفورماتیک ایران، 1400
21. "Comparative molecular dynamics study of receptor-binding domains in wild type and Omicron (B.1.1.529) variant of SARS-CoV-2"
    نگین صفائی حشکوائی، فاطمه بیانی، یحیی سفیدبخت
    دهمین همایش ملی و اولین همایش بین المللی بیوانفورماتیک ایران، 1400
22. "نهمین همایش بیوانفورماتیک ایران"
    شکوه رضائی، یحیی سفیدبخت
    نهمین همایش بیوانفورماتیک، 1399
23. "the effect of hydroxyappatite nanoparticle on the activity of thermomyces lanuginosa lipase"
    بهراد غیاثی، یحیی سفیدبخت، آریان زمانی دهکردی، علی قربانی، سیدامید رعنائی سیادت
    چهارمین کنگره بین المللی دانشجویی بیوتکنولوژی ایران، 1397
24. "the facile and low temperature synthesis of antibacterial silver doped hydroxyapatite by wet chemistry"
    بهراد غیاثی، یحیی سفیدبخت
    چهارمین کنگره بین المللی دانشجویی بیوتکنولوژی ایران، 1397
25. "بررسی اثر پلاسمای سرد فشار اتمسفری بر روی فعالیت فیتاز"
    مهسا فراست، ساره ارجمند، سیدامید رعنائی سیادت، حمیدرضا قمی مرزدشتی، یحیی سفیدبخت
    بیست و چهارمین کنفرانس اپتیک و فوتونیک و دهمین کنفرانس مهندسی و فناوری فوتونیک ایران، 1396
26. "Geraphene oxide (GO) modulates the activity of Thermomyceslanuginosus lipase (TLL)"
    امید کلجی کره سی، یحیی سفیدبخت
    چهاردهمین همایش بیوشیمی فیزیک ایران، 1395
27. "بررسی جنبه های پایداری در صنعت شیر و لبنیات ایران"
    فاطمه معین الدینی، سیدامید رعنائی سیادت، یحیی سفیدبخت
    سومین کنگره بین المللی علوم کشاورزی، مواد غذایی و محیط زیست، 1395
28. "Sustainability Aspects of Iran s Milk and Dairy Industry"
    فاطمه معین الدینی، سیدامید رعنائی سیادت، یحیی سفیدبخت
    سومین کنگره بین المللی علوم کشاورزی، مواد غذایی و محیط زیست، 1395